این بیمارستان دارای سه  اتاق عمل فعال می باشد که تمام جراحی های تخصصی و فوق تخصصی اطفال را در سطح استان پوشش داده است.
یک واحد CSR  نیز دارد که جهت استریلیزاسیون لوازم و تجهیزات پزشکی اتاق های عمل و بخش های بیمارستانی انجام فعالیت می نماید
ریاست این بخش با سرکار  خانم دکتربیگدلی (متخصص جراحی عمومی و فوق تخصص جراحی اطفال) می باشد
اتاق عمل در تمام ایام هفته در شیفت صبح  فعال می باشد و در شیفت های عصر و شب و تعطیلات  به صورت کشیک آنکالی جهت جراهی های اورژانس سرویس داده خواهد شد
اتاق عمل این مرکز با وضعیت اعلام شده ، حدود ۳۰۰ بیمار را ماهانه تحت عمل جراحی قرار می دهد که این جراحی ها شامل :
جراحی های فوق تخصصی اطفال(آترزی مری،فتق دیافراماتیک،انسدادهای دستگاه گوارش،شکاف کام،شکاف لب و ...) و اعمال جراحی لاپاراسکوپی می باشد
سیستوسکوپی،برونکوسکوپی،آندوسکوپی و خدمات دندانپزشکی تحت بیهوشی نیز انجام می شود.
پزشکان بخش اتاق عمل
  ۱-خانم دکتربیگدلی - متخصص جراحی عمومی و فوق تخصص جراحی اطفال
  ۲- آقای دکتر داود محمدی زعفرانی - متخصص جراحی عمومی و فوق تخصص جراحی اطفال
  ۳-آقای دکترمحمد سبحانی - فوق تخصص گوارش اطفال
  ۴-پزشکان فوق تخصص دندانپزشکی  دانشکده دندانپزشکی
پزشکان متخصص بیهوشی اطفال:
آقای دکتر منصور دیلمی
سرکار خانم دکتر زاهدی
سرکار خانم دکتر موسوی
 سرپرستار بخش : ندا زوار
تعداد کادر درمان  : ۷ کارشناس اتاق عمل و ۷ کارشناس بیهوشی
  تجهیزات موجود در بخش:
  ۱-در بخش CSR ۲ دستگاه اتوکلاو + دستگاه فور جهت استریلیزاسون لوازم و تجیهزات پزشکی
  ۲-هر اتاق عمل مجهز به تخت جراحی ،مانیتورینگ، ترالی CPR ،دستگاه بیهوشی ،چراغ ها ، سیالیتیک ،کوتر و سایر تجهیزات مورد نیازاست.
  ۳-دستگاه سیستوسکوپی،برونکوسکوپی،آندوسکوپی و کلونوسکوپی و لاپاراسکوپی و یونیت دندانپزشکی